Les Baptistes du libre arbitre affirment l'autorité de l'Église locale, gouvernée démocratiquement par ses membres sous la direction du Saint-Esprit. L'autorité dans l'Église repose ultimement sur la Bible, non sur un chef ou une hiérarchie. Les Baptistes du libre arbitre maintiennent une ecclésiologie congrégationaliste, rejetant la succession apostolique ou le magistère clérical exclusif. Chaque croyant a accès égal à Dieu et la capacité à discerner la volonté de Dieu par la prière et la réflexion biblique.

Bien que les pasteurs et les anciens soient reconnus et ordonnés pour conduire la congrégation, leur autorité est délimitée et responsable auprès de la congrégation. Les décisions importantes sont prises par le vote de la congrégation, reflétant un principe démocratique dans la gouvernance ecclésiale. Cette structure protège contre l'abus d'autorité et reflète la conviction que le Royaume de Dieu n'est pas basé sur la domination humaine mais sur la soumission commune à Christ.

La dénomination des Baptistes du libre arbitre elle-même est une fédération libre d'Églises locales et régionales, chacune autonome mais généralement affiliée à la National Association of Free Will Baptists (NAFWB). L'autorité dénominationnelle est consultative, non législative ou coercitive. Cette structure reflète un engagement profond à la liberté chrétienne et à la conviction que personne n'a une autorité absolue sauf Dieu.