Les Baptistes du libre arbitre pratiquent deux ordonnances : le baptême et la Cène du Seigneur (communion). Ces actes sont des rites commémoratifs et symboliques, non des sacrements qui confèrent la grâce ex opere operato (par la performance du rite lui-même). Le baptême, pratiqué par immersion complète, symbolise la mort du croyant au péché et la résurrection avec Christ (Romains 6:3-5). Il manifeste publiquement la foi en Christ et l'engagement à le suivre.

Le baptême n'administre pas le salut — la foi préalable en Christ est nécessaire et est le cœur du baptême chrétien. Les Baptistes du libre arbitre pratiquent le baptême d'croyants, non l'infantbaptême (pædobaptisme). La Cène du Seigneur (communion) commémore la mort du Christ et renouvelle l'alliance du croyant avec lui. Elle est un acte d'adoration et de gratitude, pas une répétition du sacrifice du Christ ni une présence charnelle du Christ dans les éléments.

Les Baptistes du libre arbitre rejettent la présence réelle (transsubstantiation catholique) ou une présence spirituelle marquée du Christ dans le pain et le vin. Plutôt, la Cène est un repas commémoratif qui actualise, par la mémoire et la foi, la mort salvifique du Christ. Beaucoup de congrégations des Baptistes du libre arbitre pratiquent aussi le lavement des pieds comme une ordonnance d'humilité et de servitude.