Les Baptistes du libre arbitre affirment le sacerdoce universel de tous les croyants : chaque disciple de Christ peut accéder à Dieu directement par la prière et la foi, sans dépendre d'un prêtre ou d'une classe sacerdotale intermédiaire. Cette doctrine reflète la conviction que Christ est le seul grand Prêtre (Hébreux 4:14-16, 7:24-28) et que tous les croyants ont un accès direct au trône de Dieu.

Cependant, les Baptistes du libre arbitre ordonnent des pasteurs et des anciens qui reçoivent une autorité délimitée pour prêcher, enseigner, administrer les ordonnances, et diriger l'Église. L'ordination confère une responsabilité particulière, mais pas un statut sacerdotal mystique ou une grâce supérieure. Un pasteur ordonné est un ministre de la Parole et de l'Église, appelé et reconnu pour cette tâche, mais n'a pas de rapport unique avec Dieu que les autres croyants n'ont pas.

Cette position distingue les Baptistes du libre arbitre du catholicisme romain et de l'orthodoxie orientale, qui maintiennent un système de classes sacerdotales hiérarchiques. Elle affirme aussi que tous les croyants sont appelés au ministère en quelque forme, reflétant une compréhension que le service chrétien n'est pas réservé au clergé ordonné. La distinction entre pasteurs ordonnés et autres croyants est fonctionnelle, non ontologique.