L'Église réformée administre deux sacrements — le Baptême et la Sainte-Cène — tel qu'ordonné par le Christ et expliqué dans la Confession de foi belge (articles 33–35) et le Catéchisme de Heidelberg (Q&R 66–82). Les sacrements sont des signes et des sceaux visibles de la grâce invisible de l'Évangile, instaurés par le Christ lui-même comme moyens de grâce.

Le Baptême est l'initiation au covenant de Dieu et est administré une seule fois en tant que signe et sceau du pardon des péchés et de l'incorporation au corps du Christ. L'Église réformée pratique historiquement le baptême des enfants des croyants (pédobaptisme) sur la base du covenant de Dieu s'étendant aux croyants et à leur descendance. L'eau du Baptême signifie l'ablution du péché, bien que le baptême n'accomplit pas mécaniquement ou ex opere operato la régénération (contrairement à la théologie catholique). C'est le Saint-Esprit, par la Parole, qui opère la vraie régénération ; le Baptême en est le signe et le sceau.

La Sainte-Cène (ou Cène du Seigneur) est un repas de communion où les croyants mangent le pain et boivent le vin en mémoire de la mort du Christ. L'Église réformée rejette à la fois la transsubstantiation catholique (transformation réelle et substantielle du pain en corps du Christ) et la sacramentalité luthérienne (présence physique ubiquitaire du Christ). Au lieu de cela, la Réforme confesse une présence spirituelle du Christ — par la puissance du Saint-Esprit, les croyants mangent spirituellement le corps du Christ et boivent son sang, étant nourris de manière spirituelle par la foi. Seuls les croyants qui confessent le Christ et son Évangile doivent participer.