L'Église réformée exerce l'autorité spirituelle par un gouvernement presbytéral et synodal. La Confession de foi belge (articles 30–32) et le Catéchisme de Heidelberg (Q&R 82–85) établissent que l'Église est gouvernée par des pasteurs, des anciens et des diacres. Cette structure n'est pas purement congrégationnelle (où chaque église locale est indépendante) ni purement épiscopale (où une hiérarchie épiscopale gouverne). Au lieu de cela, le gouvernement est presbytéral : les anciens (présbytres) de plusieurs églises se réunissent à des synodes (assemblées générales) pour délibérer sur les questions de doctrine, de discipline et de pratique.

L'Église exerce l'office des clés — le pouvoir de lier et de délier — dans la prédication de l'Évangile (ouverture du royaume), l'administration des sacrements, et la discipline ecclésiastique. Cet office n'est pas confié à un seul prêtre ou évêque, comme le catholicisme romain le croit, mais au corps entier de l'Église, exercé par ses officiers dûment nommés. L'Église ne peut pas annuler la Parole de Dieu ni exercer l'autorité sans fondement scripturaire. Elle est elle-même soumise à l'autorité suprême de la Parole écrite.

La discipline ecclésiastique est un pouvoir important confié à l'Église — la correction fraternelle, la réprimande, et, en dernier ressort, l'excommunication des pécheurs impénitents. Cette discipline ne vise pas à la vengeance mais à l'amendement et à la protection de l'intégrité de l'Église. L'Église réformée souligne aussi que l'autorité de l'Église ne s'étend pas aux affaires civiles ou au domaine séculier, mais est limitée aux questions spirituelles et à l'administration des sacrements.