La PCA affirme la structure presbytérienne de l'Église : le gouvernement ecclésiastique est exercé par les anciens (pasteurs et anciens spirituels) qui forment un conseil (session) au niveau local, et par les synodes et l'assemblée générale aux niveaux régionaux et nationaux. Ce système repose sur le nouveau Testament, où Paul établit des « anciens » (presbuteroi) dans les églises (Titus 1:5).

L'autorité de l'Église n'est pas concentrée dans une hiérarchie cléricale centralisée (rejetant l'épiscopalisme catholo-romain) mais distribuée parmi les anciens élus de chaque congrégation. L'autorité de l'Église est subordonnée à l'autorité suprême de Jésus-Christ et des Écritures. Les Confessions de Westminster servent comme normes de doctrine pour la PCA, mais l'Écriture sainte reste l'autorité finale. Les décisions de l'Église doivent être cohérentes avec la Parole de Dieu et en accord avec les consciences régies par la Parole.