L'Église Internationale du Christ est organisée congrégationaliste, avec chaque Église locale autonome mais en communion avec d'autres Églises du Christ à travers le monde. Historiquement, l'ICOC s'est organisée selon un système d'autorité hiérarchique plus strict, mais après les réformes majeures de 2001, la dénomination s'est déplacée vers une gouvernance d'anciens plus décentralisée.

Dans la structure actuelle, chaque congrégation locale est dirigée par un groupe d'anciens — des hommes mûrs et spirituellement qualifiés — qui servent les membres et qui guident la vie spirituelle de la congrégation. L'autorité réside ultimement dans la congrégation assemblée, mais les anciens fournissent une leadership spirituelle. Cette structure reflète une compréhension du Nouveau Testament où les anciens (ou évêques) jouent un rôle pastoral central.

L'Église du Christ maintient la conviction que l'Écriture Sainte est l'autorité finale dans tous les domaines de foi et de pratique. Aucune tradition humaine, aucun leader individuel, aucun système de gouvernement ecclésial ne s'élève au-dessus de la Parole de Dieu. L'Église du Christ affirme sola scriptura — l'Écriture seule — comme le standard final pour la doctrine et la pratique.