Les Églises du Christ rejettent l'autorité ecclésiastique centralisée (papale, épiscopale, ou dénominationnelle) et affirment l'autonomie congregationnelle. Chaque congrégation locale est gouvernée par un conseil d'anciens élus et responsables envers cette congrégation locale seule. Il n'y a pas de hiérarchie dénominationnelle, de synod général ou de magistère autorisé qui s'étend au-delà de la congrégation locale.

Cette structure reflète le principe restaurationniste de sola scriptura et rejette les développements ecclesiastiques post-bibliques. Les Églises du Christ maintiennent une communion fraternelle informelle entre congrégations, mais sans autorité de coordination centrale. Chaque congrégation est libre d'examiner la Scriptura et d'établir sa propre pratique.