Matthieu 28:19 enregistre le « Grand Commandement » du Christ ressuscité : « Allez donc, de toutes les nations faites des disciples ; baptisez-les au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit. » Le congrégationalisme affirme ce texte comme l'institut de baptême chrétien et la préscription de la formule baptismale trinitaire.

Le congrégationalisme historique a toujours pratiqué le baptême « au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit » — une formule qui affirme l'union du croyant baptisé avec la Trinité divine. Le Cambridge Platform (1648) et la Déclaration de Savoy (1658) prescrivent cette formule trinitaire classique. La pratique congrégationaliste de baptême s'enracine dans cette compréhension matthéenne du mandat apostolique.

L'Église unie du Christ contemporaine continue d'affirmer Matthieu 28:19 et maintient la formule baptismale trinitaire classique comme l'expression standard du baptême chrétien. Cependant, l'UCC reconnaît, dans son esprit de liberté herméneutique et d'autonomie congrégationaliste, que quelques congrégations peuvent baptiser en d'autres formules (par exemple, « au nom de Jésus seul ») sans que cela invalide le baptême. Ce qui est essentiel au baptême congrégationaliste est l'intention de lier le croyant à la communauté chrétienne et à l'action transformatrice de la grâce.