La théologie ecclesiologique réformée rejette la gouvernance épiscopale (évêques) et l'autorité centrale d'un pape. Au lieu de cela, l'Église est gouvernée par les anciens — ministres et anciens de gouvernance — à différents niveaux. La Confession de Belgique (Articles 29-30) décrit l'ordre de l'Église selon les anciens ordonnés. La Westminster Confession (Chapitre XXX) affirme le gouvernement presbytéral de la congrégation par ses anciens.

Le système réformé classique inclut : la congrégation locale gouvernée par ses anciens ; la classis (corps régionale d'anciens) pour arbitrer les questions entre congrégations ; et le synode (assemblée de plus large portée) pour les questions de l'Église entière. Cette structure « du bas vers le haut » reflète la conviction que le Christ est le seul Chef de l'Église. L'autorité ultime réside en Christ et en sa Parole (l'Écriture), non pas en une hiérarchie humaine.