La théologie réformée confessionnelle affirme deux sacrements : le Baptême et la Sainte-Cène (Communion). La Confession de Belgique (Articles 33-34) et la Confession de Westminster (Chapitre XXVIII-XXIX) traitent des sacrements comme signes et sceaux de l'alliance de grâce, administrés par l'Église selon l'institution du Christ.

Sur la doctrine de la présence du Christ à la Cène, la théologie réformée occupera une position intermédiaire : contre Rome, elle rejette la transsubstantiation (transformation du pain et du vin en corps et sang du Christ) ; contre certains protestants, elle enseigne qu'il y a une présence réelle et spirituelle du Christ, non pas une présence purement mémorialiste. Calvin parlait de la « présence spirituelle » du Christ — les croyants communient vraiment au corps et au sang du Christ par la foi et l'Esprit, bien que le corps physique du Christ demeure assis à la droite du Père.