La gouvernance presbytérienne est la caractéristique structurelle déterminante de cette tradition. La gouvernance se fait par des presbytres (anciens), organisés en quatre cours : la session (gouvernant la congrégation locale), le presbytère (gouvernant un groupement régional de congrégations), le synode (une cour intermédiaire optionnelle dans certains organismes) et l'assemblée générale (la plus haute cour, composée de commissaires des presbytères). Cette structure collégiale et représentative est comprise comme reflétant le modèle du Nouveau Testament d'églises gouvernées par une pluralité d'anciens, sans que les évêques aient d'autorité juridictionnelle personnelle sur plusieurs congrégations.

La Confession de Westminster (Chapitres XXV–XXXII) et la Forme de Gouvernement spécifient cette gouvernance en détail. Le Christ est l'unique chef de l'église; l'église se gouverne elle-même sous son autorité par les cours nommées. Le presbytérianisme rejette à la fois la gouvernance congrégationaliste (où chaque église locale est autonome) et la gouvernance épiscopale (où les évêques ont une autorité hiérarchique). Les marques de la véritable église dans la tradition de Westminster sont la prédication de la Parole, l'administration appropriée des sacrements et l'exercice de la discipline ecclésiale. L'assemblée générale a une autorité législative contraignante sur les églises membres, exercée par des commissaires élus plutôt que par des chefs ex officio.