L'Église chrétienne de Sion affirme la Trinité comme formule fondamentale de la théologie chrétienne. Il existe un seul Dieu manifesté en trois personnes distinctes : le Père, le Fils et le Saint-Esprit. Cette doctrine est reçue de la Tradition chrétienne générale et des Écritures. Chaque personne est pleinement Dieu, et pourtant il n'y a qu'une seule essence divine.

Dans la théologie de l'Église chrétienne de Sion, la Trinité fournit le cadre pour comprendre l'action divine. Le Père crée et soutient l'univers. Le Fils (Jésus-Christ) incarne le Verbe de Dieu et offre la rédemption. Le Saint-Esprit demeure dans le cœur des croyants et offre l'orientation et la puissance spirituelles. Bien que la doctrine soit exprimée dans un langage chrétien classique, elle prend une coloration particulière dans le contexte africain de l'Église, où l'accent est mis sur la présence sainte et protectrice de Dieu dans la vie quotidienne des croyants.