L'Église Chrétienne de Sion affirme la lecture traditionnelle de Jean 1:1 comme établissant la pleine divinité de Jésus-Christ. Bien que l'ECS intègre des éléments indépendants africains et des expressions contextuelles, sa christologie de base reste orthodoxe, affirmant Jésus comme le Fils divin de Dieu et Seigneur de tous.

L'affirmation de la divinité du Christ est centrale à la compréhension de l'ECS du Christ comme guérisseur, protecteur et source de bénédiction. L'autorité spirituelle exercée dans les ministères de guérison et de délivrance est fondée sur la reconnaissance du Christ comme le Verbe incarné, pleinement divin et présent par le Saint-Esprit dans l'Église. La divinité du Christ valide la puissance spirituelle accessible par la prière, la foi et l'intercession des chefs de l'église.

Les éléments syncrétiques de l'ECS (intégration de la vénération des ancêtres et des pratiques spirituelles locales) ne nient pas l'affirmation fondamentale du Christ comme le Logos divin. Plutôt, l'ECS cherche à comprendre la divinité du Christ comme englobant et transcendant les préoccupations spirituelles africaines traditionnelles, le faisant l'autorité spirituelle suprême et la source de guérison et de protection.