L'Église chrétienne de Sion affirme le baptême d'eau et la Communion (Cène du Seigneur) comme ordonnances sacramentelles instituées par Jésus-Christ. Ces ordonnances sont des actes de foi, d'obéissance et de commémoraison.

Le baptême, souvent administré par immersion, représente symboliquement la purification du péché et la nouvelle naissance en Christ. C'est aussi un acte de témoignage public de la foi personnelle. La Communion commémore la mort et la résurrection du Christ et exprime la communion spirituelle entre le croyant et le Seigneur. L'Église chrétienne de Sion rejette les doctrines catholiques de la transsubstantiation et maintient que le pain et le vin demeurent des signes et des symboles. Ces ordonnances renforcent la foi du croyant et renouvellent le engagement envers le Christ.