L'Église kimbanguist reconnaît le baptême et l'Eucharistie (Sainte Cène) comme sacrements importants. Le baptême est le signe externe de la foi et de la conversion, administré à ceux qui confessent le Christ. La Sainte Cène est un mémorial du sacrifice du Christ et un acte de communion spirituelle.

Cependant, l'Église place aussi une forte emphase sur les actes de guérison spirituelle, l'onction d'huile, et les prières de délivrance comme expressions sacramentelles du ministère prophétique kimbanguiste et du pouvoir du Saint-Esprit sur la maladie et le mal.