L'Église kimbanguiste possède un clergé ordonné et organisé composé de pasteurs, d'évêques, et d'autres ministres ordonnés. Ceux-ci administrent les sacrements, dirigent les services de culte, et apportent les enseignements religieux à la communauté.

Le système de clergé est hiérarchique: les évêques supervisent les pasteurs, et tous sont sous l'autorité du Chef Spirituel. Cette organisation reflète à la fois l'influence de traditions protestantes et les structures d'autorité africaines traditionnelles.

Le clergé est considéré comme ayant reçu un appel spécial de Dieu et comme porteur d'une responsabilité particulière de pastorat et de leadership spirituel.