L'Église chrétienne de Sion est dirigée par une structure d'autorité prophétique et patriarcale. Historiquement, l'Église a été guidée par son fondateur prophétique, Engenas Lekganyane. Le leadership de l'Église est caractérisé par une révérence pour la direction spirituelle et prophétique.

La structure d'autorité de l'Église reflète l'accent africain sur le respect envers les anciens et les leaders spirituels. Les pasteurs et les prophètes sont considérés comme possédant une connexion particulière avec le divin et une capacité à discerner la volonté de Dieu. Cette structure centralisée crée une unité et une coordination, bien qu'elle soulève aussi des questions concernant l'accountability prophétique. L'Église valorise l'harmonie et l'ordre hiérarchique tout en reconnaissant que le Saint-Esprit guide l'Église à travers des leaders spirituellement doués.