Le judaïsme messianique affirme une polité largement congrégationaliste. Les kehillot (congrégations messianiques) jouissent d'une autonomie locale substantielle et ne sont pas soumises à une hiérarchie centralisée ou à une bureaucratie dénominationnelle.

Chaque kehillah a généralement des leaders locaux (pasteur et anciens/elders) qui dirigent la communauté selon la Parole de Dieu et l'orientation du Ruach HaKodesh. Bien qu'il existe une certaine coordination entre les kehillot, il n'existe pas de pouvoir dénominationnel unique ou d'autorité ecclésiale suprême.

Cette structure congrégationaliste reflète à la fois la polité protestante traditionnelle et la structure historique de la communauté juive autonome (kehillah). Elle permet à chaque communauté messianique d'exprimer sa foi d'une manière culturellement juive tout en conservant son indépendance locale.