L'Église Vraie Jésus est organisée en congrégations locales autonomes dirigées par des anciens (parfois appelés évêques) qui supervise la vie de l'église et veille à l'adhésion à la doctrine du Dieu unique. Il n'existe pas d'hiérarchie centralisée ou de structure papale, mais plutôt une communion mondiale d'églises partageant la même foi dans le Dieu unique.

Les décisions importantes sont généralement prises par les anciens en consultation avec les membres. Le pouvoir correctif réside en dernier lieu dans la discipline ecclésiale, et les croyants inobéissants ou hérétiques peuvent être expulsés ou rejetés par la congrégation locale.