L'Église syro-malabare affirme les sept sacrements comme institués par le Christ et comme des véhicules de grâce : Baptême, Chrismation (confirmation), Qurbana Sainte (Eucharistie), Pénitence (réconciliation), Onction des malades, Ordination et Mariage. Les sacrements sont compris comme des signes efficaces de grâce ; ils ne font pas que signifier la grâce mais la confèrent réellement par l'action sacramentelle et l'opération du Saint-Esprit.

Le baptême, administré par immersion ou infusion (aspersion) d'eau avec la formule trinitaire, est le sacrement qui initie une personne à l'Église et remet à la fois le péché originel et les péchés actuels. La chrismation suit immédiatement le baptême et perfectionne la grâce du baptême par l'onction de saint chrême (huile bénie) et l'invocation du Saint-Esprit. L'Église syro-malabare pratique le baptême des nourrissons, comprenant que les enfants appartiennent à l'Église et héritent des fruits du salut.

La Qurbana Sainte (le terme chaldéen pour l'Eucharistie) est le sacrement du corps et du sang du Christ, offert dans la liturgie chaldéenne. Par l'épiclèse (invocation du Saint-Esprit), le pain et le vin sont crus devenir le corps et le sang du Christ par un changement connu comme la transsubstantiation (la substance du pain et du vin devient la substance du corps et du sang du Christ). L'Eucharistie est célébrée régulièrement et est le centre du culte syro-malabar.