L'Église syro-malabare catholique est en communion pleine avec l'Église catholique romaine et affirme la primauté papale telle que définie par Vatican I et clarifiée par Vatican II. Le Pape est compris comme le successeur de Pierre et le chef de l'Église universelle. L'Église syro-malabare est l'un des rites catholiques orientaux, et son Archevêque majeur détient le rang équivalent à un Cardinal dans l'Église romaine.

L'Église syro-malabare maintient sa propre tradition liturgique distincte, ses emphases théologiques et son droit canonique tout en restant en union avec Rome. Le Synode des Évêques de l'Église syro-malabare, sous l'Archevêque majeur, gouverne les affaires internes de l'Église, mais l'autorité ecclésiale ultime réside dans la communion avec le Pape. Les décisions majeures affectant l'ensemble de l'Église sont prises en consultation avec Rome.

L'Église affirme la succession apostolique par les évêques et les prêtres ordonnés. Cette succession est comprise comme la transmission de l'autorité apostolique et de la grâce par l'imposition des mains dans une chaîne ininterrompue des apôtres aux évêques contemporains. L'autorité de l'Église est exercée par une structure hiérarchique : le Pape, l'Archevêque majeur, les archevêques métropolites, les évêques et les prêtres. Les laïcs participent à la vie de l'Église, mais sous la direction de la hiérarchie ordonnée.