L'Armée du Salut affirme l'œuvre du Saint-Esprit comme essentielle au salut et à la transformation spirituelle. Suivant la théologie du Mouvement de sainteté, le Manuel de doctrine enseigne que l'Esprit œuvre dans trois dimensions : régénération (nouvelle naissance), sanctification (croissance progressive en sainteté), et sanctification entière (perfectionnement relatif du caractère chrétien). L'Armée du Salut croit que la sanctification entière est possible en cette vie, bien que rarement complète.

L'Esprit donne aussi les dons charismatiques (parler en langues, prophétie, miracles) mais l'Armée du Salut, contrairement au pentecôtisme, ne les considère pas comme signs obligatoires du baptême de l'Esprit. L'Esprit guide l'Église, inspire la prédication, et convainc de péché, de justice et de jugement. L'obéissance à l'Esprit est caractéristique du disciplat salutiste.