L'Église Baptiste du Septième Jour affirme que le Saint-Esprit est véritablement Dieu, la troisième personne de la Trinité, coégal et coéternel avec le Père et le Fils. L'Esprit n'est pas une force impersonnelle ou une vertu abstraite, mais une personne divine distincte.

Le Saint-Esprit est le Sanctificateur qui convertit les pécheurs, les rend justes en Christ, et les remplit de puissance spirituelle. Il habitent le cœur du croyant, témoignant que la créature est enfant de Dieu, et donnent les dons spirituels pour l'édification de l'Église. L'Esprit agit à travers l'Écriture, illuminant la conscience du croyant et la guidant dans la compréhension de la Parole de Dieu.

L'Esprit confère aussi le fruit de l'Esprit — amour, joie, paix, patience, bienveillance, bonté, fidélité, douceur, tempérance. À Pentecôte, l'Esprit a été donné à l'Église pour sa vie, sa puissance et son ministère. L'Église Baptiste du Septième Jour affirme l'expérience vivante du Saint-Esprit dans la vie chrétienne, pas simplement comme une doctrine théorique.