L'RCCG possède une structure d'autorité fortement centralisée. Le pouvoir suprême est investi dans le Pasteur Général (Suprême), historiquement Enoch Adeboye depuis 1981. En dessous du Pasteur Général, il y a un réseau de pasteurs hiérarchiques, de pasteurs provinciaux et de pasteurs de tentes locales. Chaque niveau répond au niveau au-dessus.

La théologie de l'autorité de l'RCCG souligne que le pasteur principal ou le prophète est le serviteur choisi par Dieu pour guider l'Église. Le Pasteur Général est considéré comme détenant autorité spirituelle et administrative. Bien que l'RCCG affirme la structure de l'Église du Nouveau Testament avec des pasteurs (surveillants), la centralisation du pouvoir dépasse ce que l'on trouve dans les Églises protestantes simples. Cela reflète en partie l'influence charismatique et prophétique, où le leader est respecté pour sa relation perçue avec Dieu. Cette autorité concentrée s'étend également au plan doctrinal : les énoncés officiels de l'Église reflètent largement la compréhension théologique du Pasteur Général.