La théologie presbytérienne affirme Matthieu 28:19 comme le commandement explicite de la Grande Commission de baptiser « au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit ». Ce texte établit la formule trinitaire pour le baptême et est fondamental à la théologie sacramentelle presbytérienne. Le Catéchisme Court de Westminster (Questions-Réponses 95) enseigne que le sacrement du baptême est « l'aspersion d'eau au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit, pour montrer et sceller notre union avec le Christ, notre intérêt dans les bénéfices de son alliance, le pardon du péché, et notre remise à Dieu par le Christ Jésus, pour vivre pour lui ».

La formule trinitaire est comprise comme essentielle au baptême valide dans la tradition presbytérienne. Cela distingue la pratique presbytérienne de certaines autres traditions chrétiennes qui mettent l'accent sur d'autres formulations baptismales (qu'elles soient d'Actes 2:38 ou d'autres passages). L'invocation des trois personnes de la Divinité au baptême scelle la promesse d'alliance et relie le candidat à l'économie complète de la Trinité : l'amour électeur du Père, l'œuvre rédemptrice du Fils, et le pouvoir de sanctification du Saint-Esprit. Le commandement de Matthieu 28:19, ainsi que son parallèle dans les récits de la Grande Commission, est traité comme la forme autorisée de l'initiation chrétienne.