La théologie presbytérienne affirme la préexistence éternelle du Fils de Dieu en tant que deuxième personne de la Trinité, entièrement cohérente avec l'orthodoxie nicéenne. La Confession de Westminster (Chapitre VIII.2) se réfère au « Fils de Dieu, la deuxième personne de la Trinité, étant véritablement et éternellement Dieu, de même substance et égal avec le Père » assumant la nature humaine. Le pacte de rédemption (pactum salutis) — un concept théologique distinctif de Westminster — présuppose la préexistence du Fils : de l'éternité, le Père a désigné le Fils comme médiateur et le Fils a accepté ce rôle, avant la création du monde.

La préexistence du Christ a des implications directes pour la théologie de l'alliance presbytérienne : le Christ comme le « dernier Adam » est le Fils éternel qui s'est engagé à accomplir ce que le premier Adam n'a pas fait — l'obéissance parfaite au pacte des œuvres au nom des élus. Cela fonde l'imputation à la fois de la justice active du Christ et de la culpabilité du péché, toutes deux nécessitant un médiateur éternel et pleinement divin.