Les églises presbytériennes rejettent fermement l'inclusion des livres deutérocanoniques (aussi appelés l'Apocrypha) — y compris Tobit, Judith, Sagesse de Salomon, Siracide (Ecclésiaste), Baruch, 1-2 Maccabées, et additions à Esther et Daniel — dans le canon biblique. La Confession de Foi de Westminster (Chapitre I, Section 3) déclare explicitement que « les livres communément appelés Apocryphes, n'étant pas d'inspiration divine, ne font partie du canon de l'Écriture; et par conséquent n'ont pas d'autorité dans l'église de Dieu, et ne sont pas autrement approuvés ou utilisés que d'autres écrits humains ». Cela représente une stance protestante claire, distinguant les églises presbytériennes des traditions catholique romaine et orthodoxe orientale qui incluent ces livres.

L'argument presbytérien pour leur exclusion repose sur plusieurs fondements : les livres n'ont pas été inclus dans la Bible hébraïque; ils ont été composés après la clôture des prophéties hébraïques; ils ne sont pas cités comme l'Écriture dans le Nouveau Testament; et ils manquent de l'attestation de la tradition chrétienne plus large concernant leur inspiration divine. Bien que ces livres puissent avoir une valeur historique et dévotionnelle et puissent être lus pour l'instruction et l'édification, ils ne sont pas traités comme faisant autorité pour la doctrine ou l'éthique. Le canon des 66 livres (39 livres de l'Ancien Testament et 27 du Nouveau Testament) est compris comme la révélation complète et suffisante de la volonté de Dieu.