Les Frères Réunis affirment fermement le canon protestant des 66 livres de l'Écriture et nient le statut canonique aux livres deutérocanoniques (Tobit, Judith, Sagesse, Sirach, Baruch, 1-2 Maccabées, et additions à Esther et Daniel). Ces livres sont considérés comme une littérature historique et dévotionnelle précieuse mais ne sont pas acceptés comme égaux aux livres canoniques en autorité, étant écrits après la fermeture de la période prophétique de l'Ancien Testament et absents de la Bible hébraïque que Jésus et les apôtres ont reconnue. L'engagement des Frères envers sola scriptura—l'Écriture seule—était inséparable de la reconnaissance d'un canon fermé et défini.

La distinction entre le canon hébreu et la collection plus large de la Septante a été importante pour l'exégèse et la théologie des Frères. Puisque les Frères valorisaient les langues originales et les premiers témoins textuels, ils ont suivi l'érudition protestante en excluant les livres ne se trouvant pas dans le canon hébreu. L'assertion que 2 Timothée 3:16-17 se réfère à une écriture complète et définie; et que l'Apocalypse 22:18-19 met en garde contre l'ajout à l'Écriture, a fourni une justification théologique pour leurs limites canoniques. Les traductions bibliques des Frères (comme la Version Roi Jacques préférée par beaucoup) n'incluent pas les livres deutérocanoniques dans le texte biblique lui-même, bien que certains les aient imprimés séparément comme littérature apocryphe pour l'intérêt historique.