L'Église luthérienne du Synode du Missouri affirme la doctrine classique de la Trinité telle qu'enseignée dans le Livre de Concorde (1580), la norme confessionnelle du luthéranisme. Dieu est un dans l'essence et trois dans la personne — Père, Fils et Saint-Esprit — coégaux, coéternels et consubstantiels. Cette doctrine s'inscrit en continuité avec le Credo de Nicée et la définition de Chalcédoine et est considérée comme fondamentale à l'orthodoxie chrétienne.

Le LCMS enseigne que la clause du Filioque (le Saint-Esprit procède du Père et du Fils) est une interprétation légitime de l'Écriture et de la Tradition, la plaçant dans la tradition chrétienne occidentale (latine). Les trois personnes de la Trinité possèdent tous les attributs divins également et sont également dignes d'adoration et de révérence.

Cette doctrine trinitaire est essentielle à la théologie et à la catéchèse du LCMS. La négation de la Trinité ou de la divinité complète et de la personnalité de tout membre de la Divinité est considérée comme une hérésie incompatible avec la confession luthérienne.