La théologie kimbanguiste suit la tradition canonique protestante qui reconnaît 39 livres de l'Ancien Testament et n'inclut pas les livres deutérocanoniques (Tobit, Sagesse, Siracide, Baruch, additions à Daniel et Esther, 1-2 Maccabées). Cette position reflète l'alignement kimbanguiste avec le christianisme missionnaire protestant dont le mouvement a émergé. Le canon est distingué entre les livres protocanoniques (ceux universellement reconnus) et les livres deutérocanoniques (ceux reçus seulement dans certaines traditions).

L'église kimbanguiste opère avec le canon protestant de 66 livres (39 Ancien Testament, 27 Nouveau Testament). Bien que le mouvement puisse reconnaître la valeur historique et dévotionnelle des livres deutérocanoniques, ils ne sont pas considérés comme l'Écriture du même niveau que les livres protocanoniques.