L'Église Chrétienne de Sion suit le canon protestant et exclut les livres deutérocanoniques de l'Écriture. L'ECS affirme les 66 livres de la Bible protestante comme la Parole de Dieu complète et faisant autorité.

Bien que l'ECS n'engage pas la bourse biblique détaillée, elle a hérité de la tradition évangélique-protestante qui reconnaît seulement les 66 livres comme canoniques. Les livres deutérocanoniques, bien que historiquement intéressants et religieusement précieux, ne font pas partie de l'Écriture faisant autorité de l'ECS.

Les enseignements doctrinaux de l'ECS, la théologie de la guérison et la pratique pastorale sont tous basés sur les 66 livres canoniques. L'exclusion des livres deutérocanoniques maintient la continuité de l'ECS avec son héritage protestant et sa théologie évangélique.