L'Iglesia ni Cristo reconnaît que la Comma Johanneum ne se trouve pas dans les plus anciens manuscrits grecs. La phrase était un ajout latin ultérieur inséré pour soutenir la doctrine trinitaire. Ce fait textuel soutient le rejet plus large par l'Église de la Trinité: la doctrine n'était pas présente dans la foi apostolique mais était un développement ultérieur.

L'Iglesia ni Cristo utilise les preuves textuelle-critique pour soutenir sa conviction que la Trinité est une doctrine non-biblique non trouvée dans l'enseignement apostolique original. L'absence de la Comma des premiers manuscrits est une preuve que le trinitarianisme est une innovation théologique postérieure.