L'Association nationale des Baptistes du libre arbitre ne mandate pas une position millénaire spécifique. Cependant, le prémillennialisme — la vue selon laquelle le Christ retournera avant un règne terrestre littéral de 1 000 ans — est la position prédominante parmi les Baptistes du libre arbitre. Certains Baptistes du libre arbitre tiennent des vues amillenniales ou postmillenniales.

Le prémillennialisme enseigne qu'après le retour du Christ, il établira un royaume sur la terre, au cours duquel Satan est lié et le Christ règne pendant mille ans. Après cette période, Satan est libéré, la rébellion finale se produit, Satan est détruit et l'éternité commence avec les nouveaux cieux et la nouvelle terre. Cette vue met l'accent sur le retour littéral et futur du Christ et le plan ultime de Dieu pour le renouvellement cosmique.

L'accent des Baptistes du libre arbitre sur l'agentivité morale humaine et la responsabilité n'entre pas en conflit avec les vues eschatologiques; plutôt, le débat sur le millénium concerne le moment et la nature du retour du Christ et la structure de l'histoire future, non la relation entre la souveraineté de Dieu et la liberté humaine. Différentes vues millénaires sont tolérées dans l'ecclésiologie des Baptistes du libre arbitre, et l'unité de l'église ne dépend pas d'une position eschatologique particulière.