Les Baptistes du libre arbitre affirment que l'ordre du Christ en Matthieu 28:19, de « baptiser dans le nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit », institue le rite du baptême chrétien avec une formule trinitaire. Les Baptistes du libre arbitre pratiquent le baptême par immersion complète, habituellement en invoquant le nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit.

Cependant, certains Baptistes du libre arbitre, notant qu'Actes décrit parfois le baptême « au nom de Jésus-Christ » (Actes 2:38, 10:48), debattent si une invocation trinitaire explicite est nécessaire ou si l'intention du ministre est primordiale. La position dominante des Baptistes du libre arbitre affirme que la formule trinitaire de Matthieu 28:19 est l'expression standard et est appropriée, reflétant la théologie trinitaire de l'Église.

L'essence du baptême dans la compréhension des Baptistes du libre arbitre est qu'il symbolise la mort et la résurrection avec Christ (Romains 6) et manifeste la confession de foi et l'engagement envers le discipulat du Christ. La formule invoquée est importante, mais le cœur du baptême est la profession de foi du croyant en Christ.