L'EAE affirme l'ordre du Seigneur ressuscité dans Matthieu 28:19 — « Allez donc et faites tous les peuples disciples, les baptisant au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit » — comme prescrivant la formule trinitaire pour l'administration du baptême. C'est l'ordre authentique et permanent du Christ pour le baptême chrétien, qui reflète la confession trinitaire et qui identifie le baptisé avec la foi en Dieu trine.

Bien que les Actes enregistre un certain nombre de baptêmes au « nom de Jésus-Christ », l'EAE comprend cela comme une emphase sur le Christ parmi les croyants juifs-chrétiens, non comme une alternative à la formule trinitaire. La formule trinitaire de Matthieu 28:19 établit la pratique correcte du baptême pour l'Église universelle et pour tous les temps.

L'EAE souligne l'importance de la formule trinitaire parce qu'elle affirme la divinité entière — le Père, le Fils et le Saint-Esprit. Un baptême administraté au seul nom de Jésus ou au seul nom du Père serait incomplet. La formule trinitaire encapsule la foi chrétienne complète dans le Dieu trinitaire. Par conséquent, l'EAE exige que le baptême soit administré utilisant la formule « au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit » pour que ce soit un acte valide d'obéissance à l'ordre du Christ.