L'Église copte-orthodoxe reconnaît sept mystères sacrés (les Sacrements) : le Baptême, la Chrismation, la Confession (Repentance), la Communion sacrée (l'Eucharistie), l'Onction des malades, l'Ordination et le Mariage. Chacun est un moyen par lequel le Saint-Esprit sanctifie le croyant et le guérit de ses blessures spirituelles.

Le Baptême et la Chrismation sont essentiels pour l'incorporation dans le Corps du Christ et reçoivent le Saint-Esprit. L'Eucharistie (la Sainte Communion) est une participation mystique au Corps et au Sang du Christ sous les formes du pain et du vin, transformés par l'invocation du Saint-Esprit (épiclèse). La Repentance est un sacrement continu de guérison spirituelle. L'Onction des malades apporte la guérison physique et spirituelle. L'Ordination et le Mariage consacrent les vies de service et d'amour conjugal. Tous les mystères opèrent par la vertu du Saint-Esprit et la foi du récepteur.