L'Église copte-orthodoxe affirme l'interprétation classique que Genèse 1,1-2 décrit la création ex nihilo (à partir de rien) par la parole créatrice de Dieu. Avant la création, il n'y avait que Dieu seul ; toute existence créée dépend de sa volonté et de son commandement.

Le mouvement du Saint-Esprit sur les eaux symbolise l'action du Tiers hypostase trinitaire dans le processus créatif. La théologie copte souligne que la création est bonne, que Dieu régit continuellement sa création, et que le Logos éternel est la source par qui toutes choses ont été créées. Cette compréhension rejette les cosmologies dualistes et gnostiques et affirme l'unité et la bonté de la création divine.