Le congrégationalisme est fondamentalement défini par son polité d'église. La Plateforme de Cambridge (1648) et la Déclaration de Savoy (1658) établissent l'autorité suprême de la congrégation locale auto-gouvernante. Chaque église locale est une corporation indépendante de croyants qui ensemble forment un pacte ou alliance (covenant), elisant leurs propres officiers et exerçant la discipline ecclésiale. Cette structure s'oppose explicitement au presbytérianisme (gouvernement par un synode de presbytres) et à l'épiscopalisme (gouvernement par des évêques). Les grands théologiens congrégationalistes comme John Owen ont défendu farouchement le droit de chaque congregation à gouverner elle-même selon l'Écriture.

L'Église unie du Christ contemporaine a hérité cette polité congrégationaliste. Chaque congrégation UCC locale est autonome et auto-gouvernante, avec le droit de lire les Écritures pour elle-même et de discerner la volonté de Dieu pour sa propre vie. L'UCC rejette catégoriquement une autorité centrale — il n'y a pas de prélat suprême, de patriarche, ou de corps magistériel d'églises dont la décision s'impose à tous. Cette liberté radicale de chaque congrégation de gouverner elle-même est tellement centrale à l'identité congrégationaliste que la démission de la polité congrégationaliste serait un abandon de l'héritage congrégationaliste lui-même.