Les églises évangéliques non-dénominales affirment l'autonomie de l'église locale et rejettent la structure hiérarchique centrale. Chaque congrégation est, en droit, gouvernée indépendamment, généralement par une direction d'anciens, un conseil d'administration ou une assemblée générale. Il n'existe pas de siège central, de tradition magistérielle, d'évêques ou de patriarches qui gouvernent collectivement les églises non-dénominales.

L'autorité suprême est placée dans l'Écriture, et chaque congrégation est responsable d'interpréter et d'appliquer la Parole de Dieu à son propre contexte. Cette conviction autonomiste reflète les convictions réformées et anabaptistes héritées. La fraternité entre les églises non-dénominales repose sur la communauté de foi et la doctrine, non sur la succession apostolique ou une hiérarchie formelle. Ce modèle d'autorité décentralisée est une caractéristique déterminante du protestantisme non-confessionnel.