Le congrégationalisme, comme toute la Réforme protestante, affirme deux ordonnances ou sacrements institués par le Christ : le baptême et la Sainte-Cène (Communion). La Déclaration de Savoy (Chapitre XXVIII-XXIX) enseigne que le baptême est l'admission à l'alliance visible de l'église par l'eau, et que la Sainte-Cène est la commémoration de la mort sacrificielle du Christ et la participation des croyants à son corps et son sang. Cependant, le congrégationalisme rejette la notion catholo-romaine de transsubstantiation et affirme plutôt une présence spirituelle du Christ dans la Cène.

Le congrégationalisme historique a pratiqué à la fois le baptême des croyants et le baptême des nourrissons, avec un consensus général qui a peut-être favorisé le pédos baptisme (baptême des enfants dont les parents sont membres de l'alliance). De nombreuses congrégations congrégationalistes historiques ont pratiqué des restrictions sur qui pouvait participer à la Sainte-Cène (communion fermée ou semi-fermée).

L'Église unie du Christ contemporaine affirme les deux ordonnances. La pratique du baptême varie : certaines congrégations UCC pratiquent le pédos baptisme, d'autres le crédos baptisme (baptême des croyants seulement), et certaines accueillent les deux pratiques. La Cène est compris comme un repas d'alliance où le Christ est spirituellement présent, non comme un sacrifice (comme à la messe catholique) mais comme une commémoraison et une participation. La plupart des congrégations UCC pratiquent une « table ouverte » — invitant tous les croyants, indépendamment de leur dénomination ou de leur statut de membre formel, à participer à la Cène. Cela reflète l'accent congrégationaliste sur l'inclusion, l'hospitalité et l'accès direct à la grâce de Dieu.