L'Église du Nazaréen affirme la doctrine classique de la Trinité dans ses Articles de foi. Le premier Article déclare que « nous croyons en un Dieu éternellement existent, infini, Souverain de l'univers ; qu'Lui seul est Dieu, créateur et administrateur, saint dans sa nature, ses attributs et son but » et que « le Fils éternel et unique de Dieu s'est incarné en Jésus-Christ ». Les Articles affirment en outre le Saint-Esprit comme troisième personne de la Trinité.

La confession trinitaire nazaréenne s'inscrit en continuité totale avec le Credo de Nicée et les conciles œcuméniques historiques. Cette structure trinitaire est incontournable pour la foi et le ministère nazaréens. Jean Wesley lui-même opérait fermement dans le cadre du christianisme trinitaire orthodoxe, et la tradition nazaréenne hérite de cet engagement sans réserve.

La Trinité est fondamentale à la sotériologie et pneumatologie nazaréennes : c'est le Saint-Esprit — la troisième personne de la Trinité — qui sanctifie le croyant dans l'œuvre de la sanctification entière. Le Père, le Fils et l'Esprit travaillent ensemble dans l'ordre du salut, et la doctrine nazaréenne d'« amour parfait » est comprise comme une participation à l'amour qui existe éternellement dans la Déité.