L'Église des Frères a rejeté les hiérarchies cléricales rigides des églises d'État et les autorités pontificales centralisées. Au lieu de cela, elle affirme une structure d'autorité congrégationaliste et collégiale : la Conférence annuelle (assemblée de délégués de toutes les congrégations) est le siège suprême du discernement et de l'autorité doctrinale.

L'autorité de la Conférence annuelle repose sur une discernement communautaire guidé par le Saint-Esprit et l'Écriture sainte. Les décisions ne sont pas autoritaires ou unilatérales mais cherchent le consensus et la sagesse de tout le corps. Les anciens et pasteurs servent comme bergers et enseignants, pas comme monarques ou dictateurs spirituels.

L'Écriture sainte — particulièrement le Nouveau Testament comme règle de foi et de pratique — demeure l'autorité ultime. Aucune structure ecclésiale, aucune tradition, aucune autorité cléricale n'est au-dessus de la Parole de Dieu. La Conférence annuelle elle-même est soumise à l'Écriture. L'Église des Frères maintient une haute ecclésiologie communautaire : la présence du Christ est trouvée dans la communion des croyants réunis, pas dans un culte centralisé ou un magstère clérical.