L'Église des Frères reconnaît deux ordonnances : le baptême par immersion triple (Vater, Sohn, Heiliger Geist — en allemand des Frères) et le repas du Seigneur (communion, agapè).

Le baptême par immersion triple sur profession de foi est la marque distinctive de l'Église des Frères. Elle rejette le baptême des enfants et insiste sur le baptême du croyant seul — après une conversion personnelle et une confession de foi en Christ. L'immersion triple rappelle le Père, le Fils et le Saint-Esprit et symbolise une mort entière au péché et une résurrection entière à la nouvelle vie.

Le repas du Seigneur ou communion est l'observance centrale de l'Église, historiquement liée à la « love feast » (agapè) : un repas communautaire de fraternité. Le pain et le vin sont les signes et symboles du corps et du sang du Christ, reçus en commémoration de sa mort salvatrice. L'Église rejette la transsubstantiation mais affirme une présence spirituelle réelle.

Les deux ordonnances ne sont pas « sacrements » au sens sacramentaliste (conférant une grâce objective ex opere operato) mais des obédiences « ordonnances » du Seigneur — actes publics de foi et de fidélité.