Les Frères en Christ pratiquent la polité congrégationaliste avec des structures de conférence régionales et générales. L'autorité n'est pas centralisée dans une hiérarchie mais distribuée entre les congrégations, avec une surveillance et une coordination fournies par les évêques et les corps de conférence. La dénomination rejette l'autorité épiscopale ou papale en faveur de la démocratie congrégationaliste et dénominationnelle.

L'autorité émane de l'Écriture, qui est la norme finale pour la doctrine et la pratique. Cependant, l'Écriture n'est pas interprétée de manière individualiste mais à travers le prisme de la communauté croyante. La communauté de l'église (particulièrement en conférence, réunie pour le discernement) est le lieu de la prise de décision doctrinale et éthique.

La tradition de paix et l'engagement envers la non-résistance sont centraux à l'identité ecclésiale et à la structure d'autorité de la dénomination. Le témoignage de l'église envers Christ inclut sa position prophétique sur la justice, la paix et la réconciliation. L'autorité est exercée avec humilité, reconnaissant que l'Esprit parle à travers l'Écriture, la tradition et le discernement communal.