L'Église Chérubin et Séraphin affirme l'orthodoxie trinitaire classique comme fondement de son identité protestante évangélique. Dieu est un seul Être en trois personnes distinctes — le Père, le Fils et le Saint-Esprit — coégales, coéternelles et consubstantielles. Ce cadre trinitaire est hérité du protestantisme évangélique et reste central à la théologie C&S malgré ses expressions contextuelles africaines.

La Trinité n'est pas simplement une doctrine abstraite, mais elle est comprise de manière expérientielle à travers le culte et la prière. L'Église C&S souligne la rencontre avec le Dieu vivant par les trois personnes de la Trinité — priant le Père par le Christ dans la puissance du Saint-Esprit. La tradition des vêtements blancs symbolise la pureté devant le Dieu trinitaire et la protection contre les forces spirituelles du mal.

La Trinité façonne aussi la compréhension C&S de l'autorité spirituelle et de la guérison. Le Christ est Seigneur sur toutes les principautés et les puissances, et le Saint-Esprit donne aux croyants le pouvoir de continuer le ministère du Christ en matière de guérison et de délivrance.