L'Église Chérubin et Séraphin affirme que Matthieu 28:19 — « baptisez-les au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit » — énonce la formule baptismale autorisée du Nouveau Testament. Le baptême doit être administré en invoquant les trois personnes de la Trinité. Cette formule trinitaire reflète la théologie et la pratique de l'Église apostolique.

Certains groupes non-trinitaires (comme certains Pentecôtistes Oneness ou l'Église apostolique universelle) administrent le baptême au nom de Jésus seul, arguant que c'est conforme aux pratiques en Actes (par exemple, Actes 2:38). L'Église C&S rejette cette pratique comme déviante. La formule trinitaire de Matthieu 28:19 est l'enseignement du Christ lui-même et l'autorité finale pour l'administration du baptême.

L'Église C&S baptise par immersion au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit. Cette formule affirme la foi trinitaire et initie le croyant dans la communauté de l'Église qui confesse le Dieu trinitaire. La formule n'est pas un simple énoncé verbal dépourvu de sens mais l'invocation solennelle de la présence et de la bénédiction de Dieu trinitaire sur le croyant.