L'Église assyrienne de l'Orient affirme Matthieu 28:19 comme le mandat scripturaire pour le Baptême au nom de la Trinité. Le Baptême est compris comme un sacrement de régénération par lequel le croyant est uni à la mort et à la résurrection du Christ. La tradition liturgique orientale souligne l'invocation triple de la Trinité et l'épiclèse (invocation du Saint-Esprit) sur les eaux baptismales.

Le Baptême est typiquement par immersion dans la tradition assyrienne et est administré aux croyants (et aux enfants dans les familles de croyants). Le Baptême confère le Saint-Esprit et initie le croyant à l'Église.