La théologie réformée confessionnelle affirme le canon protestant de 66 livres — 39 de l'Ancien Testament et 27 du Nouveau Testament. Les Confessions réformées, y compris la Confession de Westminster (Chapitre I), rejettent explicitement les livres apocryphes (deutérocanoniques) tels que Tobit, Judith, Sagesse, Sirach, Baruch et les Maccabées, que l'Église catholique romaine inclut dans son canon.

Cette position s'enracine dans le principe de sola scriptura — que seule l'Écriture canonique possède l'autorité divine complète pour la foi et la pratique. Les protestants réformés ont suivi le canon hébraïque de l'Ancien Testament plutôt que le canon alexandrin grec (qui inclut les apocryphes). Cette affirma reste un élément distinctif de la protestantisme réformé.