L'Église assyrienne de l'Orient reconnaît trois grands mystères (appelés simplement « mystères » plutôt que « sacrements ») : le Baptême, l'Eucharistie et l'Ordination. Ces trois mystères sont les canaux de la grâce sacramentelle, communiquant la présence réelle du Christ et les dons du Saint-Esprit.

Le Baptême est le premier mystère de l'initiation, par lequel le baptisé reçoit la rémission des péchés, est revêtu du Christ et reçoit le don du Saint-Esprit. L'Eucharistie, ou Divine Liturgie, est le mystère suprême : le pain et le vin sont transformés en corps et sang du Christ et offerts au Père par l'invocation du Saint-Esprit (l'épiclèse). L'Ordination confère le ministère sacerdotal et apostolique. L'Église reconnaît également d'autres rites sacramentels tels que le Chrismation (onction du Saint-Esprit), la Pénitence et la Confession, l'Extrême-Onction et le Mariage, qui sont des extensions et des applications de la grâce sacramentelle. Tous les mystères sont des actions de l'Église entière, l'Esprit-Saint opérant à travers eux pour la transformation et la sanctification.